Действие разворачивается в XXVI веке, когда человечество под эгидой Космического командования объединенных наций столкнулось с угрозой уничтожения со стороны военно-религиозного союза Ковенант. Инопланетяне обладают технологическим преимуществом и методично захватывают колонии землян, оставляя за собой выжженные планеты и миллионы жертв.
